Tras la época romana, la Península vive un período bajo la dominación de los pueblos visigodos, y tras éstos se inicia la ocupación de los árabes. En Pedro Muñoz no existe constancia de presencia árabe hasta el avance de los grupos del norte hacia el sur, ocupando tierras hasta ese momento deshabitadas u ocupadas por los musulmanes. La ocupación de estas tierras se realiza a través de la labor de las órdenes militares, de las que la Orden de Santiago se considera la más importante por la elevada cantidad de posesiones y rentas. Pedro Muñoz se encuentra dentro de esta orden militar.
Pedro Muñoz aparece, según el registro de la Orden de Santiago en Uclés, en 1174 y el fuero se le concede en 1178. Los primeros asentamientos se localizan en la zona cercana al Cerro, donde posiblemente también existía un castillo. Los primeros pobladores procederían de Cuenca, quienes se dedicaban principalmente a la agricultura y a la ganadería.
La fecha exacta de la fundación de Pedro Muñoz no se conoce con precisión, pero se sitúa a finales del siglo XIII en torno al año 1284. La explicación más aceptada afirma que apareció bajo la Orden Militar de Santiago en el tiempo del prior Pedro Núñez, Moñiz o Muñoz; aunque también puede deber su nombre al Arcediano de Alcaraz.
La repoblación de esta región se inicia con la concesión del fuero de Uclés a los distintos poblados, a Pedro Muñoz en 1324 y a Campo de Criptana y Villajos en 1328. Ese mismo año, 1324, se le reconoce a Pedro Muñoz el privilegio de fundación de manos de G. Ruíz Girón, y se concede al consejo de Pedro Muñoz la posesión de la antigua torre-fortaleza que los vecinos tenían construida para que la administren en nombre de la Orden de Santiago.
La base de la economía de esta zona era principalmente ganadería y agricultura de subsistencia, siendo los principales productos agrícolas los cereales, el vino y el aceite.
En el siglo XIV Pedro Muñoz queda desocupado a causa de las sucesivas epidemias que sufre la población.