A finales del siglo XV se inicia la recuperación de la crisis generalizada vivida en el siglo anterior. Uno de los síntomas de ello es que se produce un crecimiento de la población en los pueblos existentes y aparecen nuevos pueblos. Pedro Muñoz se repobló, pasando de 60 habitantes en 1537 a 100 en 1554 y 250 en 1603.
El primer poblador es Juan Mayordomo, procedente de la Serranía de Cuenca. Se cree que llega a la localidad tras un pleito con su señor por el que es desterrado. Llega hasta Pedro Muñoz con Asensio García, tras haber oído hablar de un despoblado cercano a una laguna y con un
importante valor para la agricultura, e inician la repoblación. Una vez asentados buscan tierras y más pobladores, logrando traer a Juan Ortiz, Pedro Delgado, Alonso Galán, Pedro Ortiz de Zarate, Andrés Calleja, Francisco de Yuste y Benito Valera, todos ellos procedentes de pueblos de Cuenca.
En las fechas en las que aparecen los primeros habitantes, los vecinos de las localidades cercanas como Mota del Cuervo, Tomelloso, Socuéllamos y Campo de Criptana reclamaban derechos sobre estas tierras y destruían las viviendas construidas. Por ello, los habitantes acuden a los tribunales para solicitar el título de villa y defenderse así de las agresiones de las localidades vecinas. Este título es concedido en 1531 por la emperatriz Isabel.
Durante el reinado de los Reyes Católicos se inicia la reorganización del reino. En la Orden de Santiago se reorganiza el territorio en comarcas, creándose las comarcas de Quintanar, dentro de la que se encuentra Pedro Muñoz, la de Campo de Montiel, el Priorato de San Juan, Campo de Calatrava, la tierra de realengo de Ciudad Real y los montes y las anchuras de la jurisdicción municipal de Toledo.
Desde 1511 se desarrolla la población y aumenta la producción de trigo, los impuestos, los sueldos y los precios. Se mejoran los sistemas de administración. Además, se generaliza la construcción de edificios para la comunidad, como iglesias, las fortalezas y otros edificios de usos comunes o destinados a la beneficencia, como son los bastimentos, los hospitales y los hornos.
En esta época la base de la economía sigue siendo agrícola y ganadera, aunque en la zona ya aparecen las primeras industrias manufactureras. El territorio que actualmente pertenece a la provincia de Ciudad Real se encuentra en estas fechas incluido dentro de la provincia de Toledo, hasta que en 1691 se sesgaron los partidos de Ciudad Real, Almagro, Alcaraz e Infantes, formando la provincia de La Mancha.
Durante el mandato de Felipe II, tras una reorganización administrativa del territorio, se les priva de jurisdicción propia. Así, desde 1566 Pedro Muñoz está bajo jurisdicción de Quintanar de la Orden, aunque conserva el título de villa. Sin embargo, la jurisdicción civil y criminal se les devuelve en 1587.
En 1570 Felipe II inicia una expedición contra el levantamiento protagonizado por los moriscos en 1570. A consecuencia de esta represión los moriscos se dispersan por La Mancha, y probablemente algunos llegaron a Pedro Muñoz.
A finales del siglo XVI se realiza una nueva organización jurisdiccional. Dentro de las provincias de la corona de Castilla destaca Toledo, que es dividido en seis partidos: la mesa arzobispal de Toledo, Toledo, la provincia de Castilla, el Campo de Calatrava, Alcaraz, y Ciudad Real. En 1592 el Partido provincial de Castilla se desdobla en dos partidos, el de la Orden de Santiago y el de la Orden de Montiel. Según las Relaciones Topográficas de Felipe II, la actual provincia de Ciudad Real se divide en varias comarcas: los Montes de Toledo, el Campo de Calatrava, La Mancha, y el Campo de Montiel.